La strada più prudente per i contribuenti incerti sulla possibilità di esonero dal pagamento dell'Irap è quella di pagare e poi avviare l'istanza per il rimborso. La richiesta di rimborso deve essere presentata, in carta semplice, direttamente all'agenzia delle Entrate entro 48 mesi dal relativo versamento. 
Deve contenere, innanzitutto, i dati anagrafici e l'attività svolta dal richiedente, le indicazioni in merito alla data, alla natura (saldo o acconti) e all'anno di imposta dei versamenti Irap di cui si chiede il rimborso. Il rimborso può essere ottenuto anche se un’azienda ha usufruito già della deduzione forfettaria del 10% sull’Irap versata, e lo stesso può fare una realtà imprenditoriale che ha chiuso in perdita.


Il termine di 48 mesi per presentare l'istanza di rimborso Irap decorre:
- dalla data di versamento del saldo (posizione molto più favorevole al contribuente), se il diritto al rimborso deriva da un'eccedenza dei versamenti in acconto rispetto a quanto dovuto a saldo oppure da pagamenti provvisori perché subordinati alla definitiva determinazione dell'obbligazione;
- dalla data di versamento dell'acconto se quest'ultimo non era dovuto o non era dovuto in quella misura o ancora la relativa disposizione non era applicabile.
L'istanza di rimborso IRAP deve essere presentata a mano o notificata tramite raccomandata con ricevuta di ritorno all'ufficio dell'agenzia delle Entrate territorialmente competente in base al domicilio fiscale del soggetto richiedente.   Infine, a pena di inammissibilità, l'istanza deve necessariamente riportare, tra le motivazioni, la carenza della soggettività passiva ai fini Irap per l'insussistenza del presupposto dell'autonoma organizzazione.
In particolare, bisogna indicare gli elementi di fatto che escludono un'attività autonomamente organizzata (come l'esiguità di beni strumentali impiegati, l'assenza di dipendenti) e dunque l'obbligo di assoggettamento all'Irap.

Infine si precisa che per la richiesta di rimborso Irap per importi fino a 20mila euro che non viene accolta dall'Agenzia delle Entrate, si può presentare reclamo alla stessa Agenzia con le stesse motivazioni che dovranno poi essere eventualmente utilizzate in sede di giudizio di fronte alla Commissione tributaria provinciale, altrimenti un successivo ricorso sarà inammissibile.